A equipe da Rede Abrolhos realiza expedições científicas embarcadas para mapeamento geomorfológico marinho, levantamento taxonômico da biodiversidade, quantificação das comunidades bentônicas e de peixes, caracterização microbiológica, análises petrográficas e experimentações ecológicas. Para isso, destaca-se o emprego de mergulho técnico, Remotely Operated Vehicle (ROV), perfuratriz submarina, Sonar de Varredura Lateral,Calcification Acidification Units (CAUS), Autonomous Reef Monitoring Structures (ARMS), sensores de luminosidade, temperatura e pH. Em laboratório, destacam-se a construção de um sistema de aquários para simular atmosferas saturadas em CO2 e um banco de imagens com 50 mil fotografias da comunidade bentônica em pontos fixos de diferentes ambientes recifais ao longo de uma década.